一.安装SRA Toolkit

cd /share/nas1/yuj/software/zip_package
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz
mv sratoolkit.3.0.7-centos_linux64 ../

vim /.bashrc
添加
export PATH=/share/nas1/yuj/software/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin:$PATH

二.使用prefetch

prefetch 是 SRA Toolkit 中的一个命令行工具，用于从 NCBI 的 Sequence Read Archive (SRA) 下载数据。它可以帮助用户快速、高效地下载 SRA 数据集到本地计算机进行后续分析。

## 一个一个
prefetch SRR28178505

## 批量
cat download_file |while read id;do (prefetch $id &);done

## 这个命令行可以解压单端数据
fastq-dump SRR28178505.sra

## 这个命令行可以解压成双端数据
fastq-dump --split-files SRR28178505.sra 
得到双段数据SRR28178505_1.fastq，SRR28178505_2.fastq。

## 批量解压
ls SRR* | while read id;do ( nohup fasterq-dump -O ./ --split-files -e 6 ./$id  --include-technical & );done